Masjid Mardliyyah Islamic Center UGM menyediakan berbagai fasilitas yang dapat dinikmati jemaah masjid. Berikut beberapa fasilitas yang disediakan di Masjid Mardliyyah Islamic Center ini:
- Parkir mobil dan motor di basement gedung Mardliyyah Islamic Center UGM
- Lift dan tangga yang mudah diakses
- Penitipan sandal, sepatu, dan barang berharga lainnya gratis
- Tempat wudhu putra dan putri yang ramah difabel
- Toilet putra dan putri yang ramah difabel
- Wifi gratis untuk sivitas akademika UGM dan mahasiswa non-UGM
- Al-Quran yang dapat digunakan di dalam masjid
- Alat sholat seperti sarung, sajadah, dan mukena yang dapat dipinjam untuk ibadah di dalam masjid
- Air minum gratis
- Listrik gratis di beberapa titik dinding masjid
- Kamera CCTV di berbagai titik